Секвенирование с удлиненным чтением значительно помогает в прочтении сложных бактериальных геномов, особенно в сочетании с коротким чтением данных Illumina (гибридная сборка). Однако неясно, как различные методы секвенирования при длительном чтении влияют на точность гибридной сборки. Относительная автоматизация процесса сборки также имеет решающее значение для облегчения полной реконструкции бактериального генома с высокой пропускной способностью, избегая многократных шагов фильтрации и обработки данных.
В этом исследовании было проведено сравнение гибридной сборки для 20 бактериальных изолятов, включая два референтных штамма, используя секвенирование Illumina и удлиненные считывания с платформ секвенирования Oxford Nanopore Technologies (ONT) или SMRT Pacific Biosciences (PacBio). Для этого были выбраны изоляты из семейства Enterobacteriaceae, поскольку они часто имеют очень пластичные, повторяющиеся генетические структуры. Полная реконструкция генома для этих видов имеет важное значение для точного понимания эпидемиологии устойчивости к противомикробным препаратам. Были собраны de novo геномы с использованием гибридного ассемблера Unicycler и сравнили различные стратегии обработки чтения, а также сравнили сборку только для удлиненного чтения с Flye, а затем полировку с коротким чтением с Pilon.
Гибридная сборка с использованием либо PacBio, либо ONT считываниями способствовала высококачественной реконструкции генома и превосходила подход удлиненной сборки и полировки, с точки зрения точности и полноты. Комбинация ONT и Illumina полностью читает большинство геномов без дополнительных ручных шагов и по более низкой цене расходного материала в пересчете на изолят в нашей установке. Автоматизированная гибридная сборка - это мощный инструмент для полной и точной сборки бактериального генома.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31483244/
Microb Genom. 2019 Sep;5(9). doi: 10.1099/mgen.0.000294. Epub 2019 Aug 30.
Комментарии (0)
Зарегистрируйтесь, чтобы добавить комментарий