Биологи из Бельгии, Канады и Швейцарии представили новый инструмент для секвенирования круговой ДНК, который позволит ученым получить точные данные об этих молекулах, способных помочь в сельском хозяйстве, исследовании вирусов и даже рака. 

Круговая ДНК распространена в геномах бактерий и вирусов. Недавно ученые обнаружили эту молекулу в ядрах человеческих и растительных клеток. Она получила название экстрахромосомной круговой ДНК (эккДНК). По словам исследователей, этот малоизученный тип круговой ДНК также обычно встречается в раковых клетках и может быть связан с их способностью быстро делиться. Однако до сих пор не было надежного метода для секвенирования этого типа генетических молекул.

Теперь биологи придумали новый инструмент под названием CIDER-Seq, который использует технологию секвенирования ДНК под названием PacBio. Технология была выложена в открытый доступ, чтобы ее могли использовать исследователи со всего мира. «Мы разработали новый метод молекулярной биологии и новый алгоритм биоинформатики, чтобы наконец получить полные последовательности эккДНК, — объяснил ведущий автор исследования, аспирант Альбертского университета Деванг Мета. — Наш метод позволяет полностью секвенировать эти круговые молекулы и лучше понять, что они на самом деле делают в клетке».

Новый подход основан на случайно инициированной круговой амплификации ДНК, после которой следует несколько ферментативных этапов восстановления информационной молекулы, а затем ее длительное секвенирование. Созданный биологами пакет анализа данных CIDER-Seq может получать информацию о полных геномах различных вирусов, которые, как известно, зачастую используют круговую ДНК для передачи своей генетической информации и дальнейшей репликации.

Секвенирование последовательности эккДНК с помощью нового метода занимает в зависимости от имеющихся вычислительных ресурсов примерно две недели. При этом точность секвенирования с помощью CIDER-Seq зависит от длины последовательности. Самая высокая точность, согласно результатам исследования, была достигнута для последовательностей длиной до десяти тысяч нуклеотидов.
 

https://indicator.ru/biology/instrument-sekvenirovaniya-krugovoi-dnk-15-05-2020.htm