SARS-CoV-2 представляет собой РНК-коронавирус, ответственный за пандемию тяжелого острого респираторного синдрома (COVID-19). РНК-вирусы характеризуются высокой частотой мутаций, до миллиона раз превышающей таковую у их хозяев. Мутагенная способность вируса зависит от нескольких факторов, включая точность вирусных ферментов, реплицирующих нуклеиновые кислоты, таких как РНК-зависимая РНК-полимераза SARS-CoV-2 (RdRp). Частота мутаций управляет эволюцией вируса и вариабельностью генома, тем самым позволяя вирусам избегать иммунитета хозяина и развивать лекарственную устойчивость.
Методы
Было проанализировано 220 геномных последовательностей из базы данных GISAID, полученных от пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, во всем мире с декабря 2019 года до середины марта 2020 года. Эталонный геном SARS-CoV-2 был получен из базы данных GenBank. Выравнивание геномов проводили с использованием Clustal Omega. Для оценки статистической значимости использовались точные критерии Манна–Уитни и Фишера.
Результаты
Были охарактеризованы 8 новых повторяющихся мутаций SARS-CoV-2, расположенных в позициях1397, 2891, 14408, 17746, 17857, 18060, 23403 и 28881. Мутации в положениях 2891, 3036, 14408, 23403 и 28881 наблюдаются преимущественно в Европе, тогда как мутации, расположенные в позициях 17746, 17857 и 18060, присутствуют исключительно в Северной Америке. Впервые была замечена молчащая мутация в гене RdRp в Англии (Великобритания) 9 февраля 2020 года, в то время как другая мутация в RdRp, изменяющая его аминокислотный состав, появилась 20 февраля 2020 года в Италии (Ломбардия). Вирусы с мутацией RdRp имеют медиану из 3 точечных мутаций [диапазон: 2–5], в противном случае они имеют медиану из 1 мутации [диапазон: 0–3] (значение p <0,001).
Выводы
Эти данные свидетельствуют о том, что вирус эволюционирует и европейские, североамериканские и азиатские штаммы могут сосуществовать, причем каждый из них характеризуется разным паттерном мутации. Необходимо исследовать вклад мутировавшего RdRp в это явление. На сегодняшний день для лечения инфекции SARS-CoV-2 используется несколько препаратов, нацеленных на ферменты RdRp. Некоторые из них имеют предсказанный связывающий фрагмент в гидрофобной расщелине SARS-CoV-2 RdRp, которая соседствует с идентифицированной мутацией 14408. Следовательно, важно изучить и охарактеризовать мутацию RdRp SARS-CoV-2, для оценки возможных вирусных фенотипов лекарственной резистентности. Также важно понять, может ли наличие некоторых мутаций коррелировать с различными уровнями смертности от SARS-CoV-2.
Методы
Было проанализировано 220 геномных последовательностей из базы данных GISAID, полученных от пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, во всем мире с декабря 2019 года до середины марта 2020 года. Эталонный геном SARS-CoV-2 был получен из базы данных GenBank. Выравнивание геномов проводили с использованием Clustal Omega. Для оценки статистической значимости использовались точные критерии Манна–Уитни и Фишера.
Результаты
Были охарактеризованы 8 новых повторяющихся мутаций SARS-CoV-2, расположенных в позициях1397, 2891, 14408, 17746, 17857, 18060, 23403 и 28881. Мутации в положениях 2891, 3036, 14408, 23403 и 28881 наблюдаются преимущественно в Европе, тогда как мутации, расположенные в позициях 17746, 17857 и 18060, присутствуют исключительно в Северной Америке. Впервые была замечена молчащая мутация в гене RdRp в Англии (Великобритания) 9 февраля 2020 года, в то время как другая мутация в RdRp, изменяющая его аминокислотный состав, появилась 20 февраля 2020 года в Италии (Ломбардия). Вирусы с мутацией RdRp имеют медиану из 3 точечных мутаций [диапазон: 2–5], в противном случае они имеют медиану из 1 мутации [диапазон: 0–3] (значение p <0,001).
Выводы
Эти данные свидетельствуют о том, что вирус эволюционирует и европейские, североамериканские и азиатские штаммы могут сосуществовать, причем каждый из них характеризуется разным паттерном мутации. Необходимо исследовать вклад мутировавшего RdRp в это явление. На сегодняшний день для лечения инфекции SARS-CoV-2 используется несколько препаратов, нацеленных на ферменты RdRp. Некоторые из них имеют предсказанный связывающий фрагмент в гидрофобной расщелине SARS-CoV-2 RdRp, которая соседствует с идентифицированной мутацией 14408. Следовательно, важно изучить и охарактеризовать мутацию RdRp SARS-CoV-2, для оценки возможных вирусных фенотипов лекарственной резистентности. Также важно понять, может ли наличие некоторых мутаций коррелировать с различными уровнями смертности от SARS-CoV-2.
https://translational-medicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12967-020-02344-6
Emerging SARS-CoV-2 mutation hot spots include a novel RNA-dependent-RNA polymerase variant. Maria Pachetti, Bruna Marini, Francesca Benedetti, Fabiola Giudici, Elisabetta Mauro , Paola Storici, Claudio Masciovecchio, Silvia Angeletti, Massimo Ciccozzi, Robert C. Gallo, Davide Zella and Rudy Ippodrino. Transl Med (2020) 18:179 https://doi.org/10.1186/s12967-020-02344-6
Комментарии (0)
Зарегистрируйтесь, чтобы добавить комментарий