Современные клинические подходы по обнаружению мутаций основаны на считывании коротких последовательностей (100–300 п.н.) экзонов и фланкирующих сайтов сплайсинга, нацеленных на мультигенные панели или целые экзомы. 

Секвенирование с коротким считыванием является очень точным для обнаружения однонуклеотидных вариантов, небольших отступов и простых различий в количестве копий, но имеет ограниченное применение для идентификации сложных вставок, делеций и других структурных перестроек. Авторы предлагаемой вниманию статьи использовали CRISPR-Cas9 для полного удаления гена BRCA1 и BRCA2 в геномных областях лимфобластных клеток пациентов с раком молочной железы, затем секвенировали эти области с помощью длинных считываний (> 10 000 п.н.), чтобы полностью охарактеризовать все некодирующие области на предмет структурных вариаций. 
 

Cas9 (англ. CRISPR associated protein 9, CRISPR-ассоциированный белок) — это управляемая при помощи РНК-гидов эндонуклеаза, связанная с адаптивной иммунной системой CRISPR (англ. Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats), у ряда бактерий, в частности Streptococcus pyogenes. S. pyogenes использует Cas9 для запоминания, последующей проверки и разрезания чужеродной ДНК.


Клинический случай. В семье, серьезно пострадавшей от двустороннего рака молочной железы с ранним началом и с отрицательными (нормальными) результатами по панели генов и секвенированию экзома, идентифицировали интронную вставку ретротранспозона SINE-VNTR-Alu, которая привела к созданию псевдоэкзона в сообщении BRCA1, и введено преждевременное усечение. Эта комбинация вырезания CRISPR-Cas9 и секвенирования с длинным считыванием выявляет класс сложных, повреждающих и иных скрытых мутаций, которые могут быть особенно частыми в генах-супрессорах опухолей, изобилующих интронными повторами.
 

CRISPR–Cas9/long-read sequencing approach to identify cryptic mutations in BRCA1 and other tumour suppressor genes | Journal of Medical Genetics (bmj.com) 
Walsh, T., Casadei, S., Munson, K. M., Eng, M., Mandell, J. B., Gulsuner, S., & King, M.-C. (2020). CRISPR–Cas9/long-read sequencing approach to identify cryptic mutations in BRCA1 and other tumour suppressor genes. Journal of Medical Genetics, jmedgenet–2020–107320. doi:10.1136/jmedgenet-2020-107320