Методы исследования. Была собрана клиническая информация о 182 пробандах, страдающих IRD, включая их семейный анамнез и результаты офтальмологического обследования. Были собраны образцы крови всех пробандов и их родственников, также выделена геномная ДНК по стандартным протоколам. Первым 91 пациентам было проведено секвенирование экзома, а следующим 91 пациентам была проведена специальная расширенная панель по наследственным заболеваниям глаз (HEDEP), разработанной авторами статьи. Все вероятные патогенные варианты в генах-кандидатах были определены секвенированием по Сэнгеру, а анализы совместной сегрегации были выполнены с доступными членами семьи. Вариации числа копий (CNV), обнаруженные с помощью HEDEP, были дополнительно обследованы мультиплексной амплификацией лигированных зондов (MLPA). Так как PRGRORF15 было трудно обнаружить с помощью секвенирования следующего поколения (NGS), все образцы были подвергнуты секвенированию по Сэнгеру для этой области. Все изменения последовательности, идентифицированные NGS, были классифицированы в соответствии с руководящими принципами интерпретации вариантов Американского колледжа медицинской генетики и геномики и Ассоциации молекулярной патологии (ACMG / AMP). В исследование были включены только варианты, идентифицированные как патогенные или вероятно патогенные, в то время как варианты с неопределенной значимостью, вероятные доброкачественные или доброкачественные не были включены.
Результаты. В 91 случае при секвенировании по Сэнгеру патогенные или вероятные патогенные варианты были определены в 30 случаях, что составило степень выявления 33,00% (30/91). В то время как в 91 случае с помощью секвенирования HEDEP патогенные или вероятные патогенные варианты были определены в 51 случае, при этом диагностическая значимость составила 56,04% (51/91), а в целом частота диагностики составила 44,51%. HEDEP имеет лучший охват секвенированием и глубину считывания, чем секвенирование по Сэнгеру, поэтому HEDEP имеет более высокий уровень обнаружения. Кроме того, HEDEP может обнаруживать CNV. В представленном исследовании были обнаружили варианты, вызывающие заболевание, в 29 различных генах, связанных с IRD, USH2A, ABCA4 и RPGR. Эти три наиболее часто встречающихся варианта генов, и частота этих генов в популяции китайских IRD составляла 11,54% (21/182), 6,59% (12/182) и 3,85% (7/182) соответственно. Также обнаружены 43 новых варианта и 6 случаев вариантов в ORF15 RPGR .
Заключение. NGS в сочетании с секвенированием по Сэнгеру определяет надежный и эффективный подход к генетической диагностике IRD, и после оценки плюсов и минусов двух методов секвенирования следует, что HEDEP нужно использовать в качестве теста первого уровня для пациентов с IRD , секвенирование по Сэнгеру может быть использовано в качестве дополнительного метода молекулярной диагностики за счет его достоинств обнаружения новых IRD-ассоциированных генов, если HEDEP или другие методы не могут обнаружить вызывающие болезнь варианты в зарегистрированных генах. Кроме того, полученные результаты обогатили мутационные спектры генов IRD, а авторские методы прокладывают путь генетическому консультированию, планированию семьи и новым методам генетического лечения для этих семей.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7653409/
Liu, X. Z., Li, Y. Y., & Yang, L. P. (2020). Beijing da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Peking University. Health sciences, 52(5), 836–844. https://doi.org/10.19723/j.issn.1671-167X.2020.05.007
Комментарии (0)
Зарегистрируйтесь, чтобы добавить комментарий