Целиакия (CD) - это аутоиммунное заболевание, характеризующееся воспалением слизистой оболочки тонкой кишки в ответ на пищевой глютен. Генетические факторы играют ключевую роль у лиц с целиакией, несущих гаплотип HLA-DQ2 или HLA-DQ8, однако эти гаплотипы присутствуют у половины населения в целом, что делает их необходимыми, но недостаточными для возникновения целиакии.
Эпигенетические модификации, в том числе метилирование ДНК, которые могут меняться в ответ на воздействие окружающей среды, могут помочь объяснить, какое необходимо взаимодействие между генами и факторами окружающей среды, чтобы вызвать развитие болезни. Выявление изменений в профилях метилирования ДНК у людей с целиакией может помочь обнаружить новые геномные области, вовлеченные в возникновение и развитие целиакии.
Методы. Для сравнения профилей метилирования ДНК в слюне, у лиц с целиакией и без целиакии использовали массив шариков Illumina Infinium Methylation 450 (HM450). Люди, у которых была диагностирована целиакия по крайней мере 2 года назад, были на безглютеновой диете(GFD) и в настоящее время не имели симптомов, сравнивались со здоровыми лицами без целиакии соответственно возрасту и полу. Для подтверждения областей, которые оказались дифференциально метилированными использовалось бисульфитное пиросеквенирование. Эти регионы были также проверены во второй большей когорте лиц с целиакией и без целиакии.
Результаты. Различия метилирования в области HLA у HLA-DQB1 были выявлены на HM450, но не могли быть подтверждены с помощью пиросеквенирования. Значительные различия метилирования вблизи гена SLC17A3 были подтверждены при пиросеквенировании в исходной пилотной когорте. Интересно, что секвенирование с помощью пиросеквенирования этих же сайтов во второй когорте CD и пораженных CD контролей приводило к значительным различиям метилирования в противоположном направлении.
Вывод. Измененные профили метилирования ДНК, по-видимому, присутствуют в слюне у пациентов с целиакией. Необходима дальнейшая работа, чтобы подтвердить, действительно ли эти различия связаны с целиакией.
Эпигенетические модификации, в том числе метилирование ДНК, которые могут меняться в ответ на воздействие окружающей среды, могут помочь объяснить, какое необходимо взаимодействие между генами и факторами окружающей среды, чтобы вызвать развитие болезни. Выявление изменений в профилях метилирования ДНК у людей с целиакией может помочь обнаружить новые геномные области, вовлеченные в возникновение и развитие целиакии.
Методы. Для сравнения профилей метилирования ДНК в слюне, у лиц с целиакией и без целиакии использовали массив шариков Illumina Infinium Methylation 450 (HM450). Люди, у которых была диагностирована целиакия по крайней мере 2 года назад, были на безглютеновой диете(GFD) и в настоящее время не имели симптомов, сравнивались со здоровыми лицами без целиакии соответственно возрасту и полу. Для подтверждения областей, которые оказались дифференциально метилированными использовалось бисульфитное пиросеквенирование. Эти регионы были также проверены во второй большей когорте лиц с целиакией и без целиакии.
Результаты. Различия метилирования в области HLA у HLA-DQB1 были выявлены на HM450, но не могли быть подтверждены с помощью пиросеквенирования. Значительные различия метилирования вблизи гена SLC17A3 были подтверждены при пиросеквенировании в исходной пилотной когорте. Интересно, что секвенирование с помощью пиросеквенирования этих же сайтов во второй когорте CD и пораженных CD контролей приводило к значительным различиям метилирования в противоположном направлении.
Вывод. Измененные профили метилирования ДНК, по-видимому, присутствуют в слюне у пациентов с целиакией. Необходима дальнейшая работа, чтобы подтвердить, действительно ли эти различия связаны с целиакией.
https://bmcmedgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12920-020-0670-9
Nerissa L. Hearn, Christine L. Chiu and Joanne M. Lind. Comparison of DNA methylation profiles from saliva in Coeliac disease and noncoeliac disease individuals. BMC Medical Genomics (2020) 13:16. https://doi.org/10.1186/s12920-020-0670-9
Комментарии (0)
Зарегистрируйтесь, чтобы добавить комментарий