Эволюционно консервативные факторы транскрипции RFX (TFs) регулируют свои целевые гены с помощью мотива последовательности ДНК, называемого X-box. Тем самым они регулируют клеточную специализацию и терминальную дифференцировку. В предлагаемом вниманию исследовании проводится всесторонний анализ всех восьми генов RFX человека (RFX1-8), их пространственных и временных профилей экспрессии, потенциальных регуляторов восходящего потока и генов-мишеней.

Результаты: Были извлечены все известные профили экспрессии генов RFX1-8 человека из базы данных FANTOM5, полученной на основе активности стартового сайта транскрипции (TSS), захваченной с помощью технологии Cap Analysis of Gene Expression (CAGE). Гены RFX широко (RFX1-3, RFX5, RFX7) и специфически (RFX4, RFX6) экспрессируются в различных типах клеток с высокой экспрессией в четырех системах органов: иммунной системе, желудочно-кишечном тракте, репродуктивной системе и нервной системе. Специфические профили экспрессии тканевого типа связывают определенных членов семейства RFX с целевыми батареями генов, которые они регулируют.

Экспериментально подтверждены новые локации TSS и охарактеризован ранее не описанный RFX8 как низко выраженный. Специфичность тканевого и клеточного типов RFX возникает главным образом из-за различий в архитектуре TSS. Изоформы транскрипта RFX, лишенные ДНК-связывающего домена (DBD), открывают новые возможности для комбинаторной регуляции генов-мишеней.

Результаты свидетельствуют в пользу новой группировки семейства RFX на основе состава белковых доменов. Обнаружено и экспериментально подтверждены TFs SP2 и ESR1 в качестве восходящих регуляторов специфических генов RFX. С помощью использования профилей связывания TF из базы данных JASPAR определены релевантные паттерны позиционирования мотива X-box относительно расположения генов TSS генов-мишеней RFX человека.

Выводы: Богатство данных, которые предоставлены, послужат основой для точного определения роли RFX TFS в развитии человека и болезнях.
 

Characterization of the human RFX transcription factor family by regulatory and target gene analysis | BMC Genomics | Full Text (biomedcentral.com) 
Sugiaman-Trapman, D., Vitezic, M., Jouhilahti, EM. et al. Characterization of the human RFX transcription factor family by regulatory and target gene analysis. BMC Genomics 19, 181 (2018). https://doi.org/10.1186/s12864-018-4564-6