Туберкулез (ТБ), одна из основных угроз для человека, опасная для одной трети населения мира, и может ежегодно приводить к более чем одному миллиону смертей.

Предлагаемое вниманию исследование было направлено на выявление биомаркеров для эффективной диагностики и терапии туберкулеза.

Проанализированы два набора данных микрочипов (GSE54992 и GSE62525), полученные из базы данных Gene Expression Omnibus (GEO), чтобы найти дифференциально экспрессированные гены (DEG) мононуклеарных клеток периферической крови (PBMC) между пациентами с туберкулезом и здоровыми образцами. Функциональное и путевое обогащение ДЭГ были проанализированы с помощью базы данных Metascape. Сеть белково-белкового взаимодействия (PPI) между DEG была построена базами данных STRING и визуализирована в программном обеспечении Cytoscape. Также была построена соответствующая регуляторная сеть транскрипционных факторов DEG. В общей сложности 190 DEG, включая 36 генов с повышенной регуляцией и 154 гена с пониженной регуляцией, были получены в образцах туберкулеза.

Анализ функционального обогащения генов показал, что эти ДЭГ были обогащены активацией Т-клеток, хемотаксисом, активацией лейкоцитов, участвующих в иммунном ответе, секреции цитокинов, развитии головы и т. д. Шесть лучших генов-концентраторов (а именно LRRK2, FYN, GART, CCR7, CXCR5 и FASLG) и два значительных модуля были получены из сети PPI DEG. Жизненно важные транскрипционные факторы, такие как FoxC1 и GATA2, были обнаружены при тесном взаимодействии с этими шестью узловыми DEG. С помощью системного биоинформатического анализа были проверены многие ДЭГ, связанные с туберкулезом, и именно эти выявленные ДЭГ могут быть потенциальными биомаркерами для диагностики и лечения туберкулеза в будущем.
 

Identification of Potential Biomarkers and Related Transcription Factors in Peripheral Blood of Tuberculosis Patients - PubMed (nih.gov) 
Xie L, Chao X, Teng T, Li Q, Xie J. Identification of Potential Biomarkers and Related Transcription Factors in Peripheral Blood of Tuberculosis Patients. Int J Environ Res Public Health. 2020 Sep 24;17(19):6993. doi: 10.3390/ijerph17196993. PMID: 32987825; PMCID: PMC7579196.