Методы. Двенадцать репрезентативных образцов вируса гриппа А нескольких подтипов были универсально амплифицированы в OneStep RT-PCR и впоследствии секвенированы на приборе MinION в сочетании с набором подготовки библиотеки штрих-кодирования из семейства rapid и MinIT. Идентичные продукты ПЦР были секвенированы на платформе Ion Torrent, и после окончательной консенсусной сборки все данные были сопоставлены для валидации. Чтобы доказать практичность метода MinION-Init в диагностике заболеваний человека и ветеринарии, для дальнейшего сравнения были секвенированы недавние и исторические штаммы гриппа.
Результаты. Комбинация MinION-MinIT сгенерировала более двух миллионов считываний для двенадцати образцов в течение шестичасового цикла секвенирования, из которых в общей сложности 72% классифицировались как качественные скрининговые, обрезанные и картированные считывания вируса гриппа для получения полногеномных последовательностей. Была достигнута идентичность между наборами данных> 99,9%, при 100% охвате всех сегментов наряду с достаточной достоверностью и 4492-кратной средней глубиной. От выделения РНК до получения готовых последовательностей потребовалось всего 14 часов.
Выводы. Был разработан и апробирован новый и быстрый мультиплексный рабочий процесс для секвенирования вируса гриппа А. Этот протокол подходит как для клинических, так и для академических условий, помогая проводить диагностику в реальном времени и пассивное наблюдение.
https://bmcinfectdis.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12879-020-05367-y
Rapid multiplex MinION nanopore sequencing workflow for Influenza A viruses. Jacqueline King, Timm Harder, Martin Beer and Anne Pohlmann. BMC Infectious Diseases (2020) 20:648 https://doi.org/10.1186/s12879-020-05367-y
Комментарии (0)
Зарегистрируйтесь, чтобы добавить комментарий