Методы: Систематически исследована ассоциация между экспрессией миРНК и генов и ее потенциальное влияние на туморигенез на основе 8375 образцов пациентов с 31 видом рака человека из Атласа генома рака (TCGA).
Результаты: Обнаружено, что положительные корреляции миРНК-гена удивительно распространены и последовательны во всех типах рака и демонстрируют различные паттерны чаще, чем отрицательные корреляции. Наиболее ранжированные положительные корреляции значительно участвуют в процессах дифференцировки иммунных клеток и передачи сигналов клеточной мембраны, а также демонстрируют сильную ассоциацию в стратификации пациентов с точки зрения выживаемости. Хотя внутригенные микроРНК обычно имеют тенденцию коэкспрессироваться со своими генами-хозяевами, значительная часть микроРНК не демонстрирует очевидной корреляции со своим геном-хозяином, вероятно, из-за несохранения.
МиРНК может регулировать ген, ингибируя его восходящий супрессор, или делится с этим геном транскрипционными факторами, что приводит к положительной корреляции. Сайты миРНК/гена, связанные с положительными корреляциями высшего ранга, с большей вероятностью образуют супер-энхансеры по сравнению со случайно выбранными парами. Эксперименты показали, что положительные корреляции частично сохраняются в условиях in vitro.
Интерпретация: Исследование дает новое понимание критической роли миРНК в регуляции генов и сложных механизмов, лежащих в основе функций миРНК, а также раскрывает как биологическое, так и клиническое значение активации миРНК-ассоциированных генов.
Pan-cancer analysis on microRNA-associated gene activation - EBioMedicine (thelancet.com)
Hua Tan, Shan Huang, Zhigang Zhang, Xiaohua Qian, Peiqing Sun, Xiaobo Zhou. Pan-cancer analysis on microRNA-associated gene activation. EBioMedicinе. VOLUME 43, P82-97, MAY 01, 2019. Published:April 04, 2019DOI:https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2019.03.08
Комментарии (0)
Зарегистрируйтесь, чтобы добавить комментарий