Переход на секвенирование следующего поколения (NGS) для анализа BRCA1/BRCA2 в клинических лабораториях продолжается, но различные платформы и/или конвейеры анализа данных дают разные результаты, что приводит к трудностям в реализации. Авторы предлагаемой вниманию публикации оценили платформы Ion Personal Genome Machine (PGM) (Ion PGM, Ion PGM Dx, Thermo Fisher Scientific) для анализа BRCA1/2.

Материалы и методы: Результаты ионной PGM с помощью OTG-snpcaller, конвейера, основанного на программе Torrent mapping alignment program и инструментарии анализа генома, из 75 клинических образцов и 14 эталонных образцов ДНК были сопоставлены с секвенированием Sanger для BRCA1/BRCA2. Десять клинических образцов и 14 эталонных образцов ДНК были дополнительно секвенированы с помощью Ion PGM Dx с помощью Torrent Suite.

Результаты: Пятьдесят типов вариантов, включая 18 патогенных или вариантов неизвестной значимости, были идентифицированы из 75 клинических образцов, а известные варианты референтных образцов были подтверждены секвенированием Sanger и/или NGS. Один ложноотрицательный результат был получен для иона PGM/OTG-snpcaller для варианта indel, ошибочно идентифицированного как однонуклеотидный вариант. Однако для Ion PGM Dx/Torrent Suite было получено восемь диссонирующих результатов как с ложноположительными, так и с отрицательными результатами. 40-бп-делеция, 4-бп-делеция и 1-бп-делеция не вызывались, была идентифицирована ложноположительная делеция. Четыре варианта были ошибочно идентифицированы как другой вариант.

Вывод: Ion PGM/OTG-snpcaller показал приемлемую производительность при хорошем согласии с секвенированием Сэнгера. Однако Ion PGM Dx/Torrent Suite показал множество противоречивых результатов, не пригодных для использования в клинической лаборатории, что потребовало дальнейшей оптимизации анализа данных для вызывающих вариантов.
 

Comparison of Ion Personal Genome Machine Platforms for the Detection of Variants in BRCA1 and BRCA2 - PubMed (nih.gov) 
Hwang SM, Lee KC, Lee MS, Park KU. Comparison of Ion Personal Genome Machine Platforms for the Detection of Variants in BRCA1 and BRCA2. Cancer Res Treat. 2018 Jan;50(1):255-264. doi: 10.4143/crt.2017.062. Epub 2017 Apr 7. PMID: 28392550; PMCID: PMC5784618.