Устойчивость бактерий к антибиотикам стала мировой проблемой. Нужны не только новые антибиотики, активные в отношении резистентных микроорганизмов, но и современная микробиологическая диагностика, позволяющая быстро и качественно выявить возбудитель инфекции и определить, к каким антибиотикам он сохраняет чувствительность.

Наблюдение за лекарственно-устойчивыми бактериями - это самое важное для медицинских работников для проведения эффективной эмпирической антибиотикотерапии. Тем не менее традиционная молекулярная эпидемиология обычно не учитывает временные рамки, которые могут повлиять на лечение пациента и последствия.

В предлагаемой вниманию публикации представлен метод, называемый «типирование геномных соседей», для обнаружения фенотипа бактериального образца путем определения его ближайших родственников в базе данных геномов с метаданными. Показано, что этот способ может обнаружить устойчивость и восприимчивость к антибиотикам, как у Streptococcus pneumoniae, так и у Neisseria gonorrhoeae.

Это было осуществлено с помощью быстрого «принципа k-mer соответсвия», который при использовании с данными Oxford Nanopore MinION может применяться в реальном времени, что дало результат в определении устойчивости в течении 10 минут (91% чувствительность и 100% специфичность у Streptococcus pneumoniae  и 81% чувствительность и 100% специфичность у Neisseria gonorrhoeae из изолятов с репрезентативной базой данных) после начала секвенирования и в течение 4 часов после сбора образцов (чувствительность 75% и 100% специфичность у Streptococcus pneumoniae ) для клинических метагеномных образцов мокроты.

Данный гибкий подход имеет широкое применение при наблюдении за патогенами и может быть использован для значительного ускорения соответствующего эмпирического лечения антибиотиками.
 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7044115/
Karel Břinda , Alanna Callendrello, Kevin C. Ma, Derek R. MacFadden, Themoula Charalampous , Robyn S. Lee, Lauren Cowley, Crista B. Wadsworth, Yonatan H. Grad , Gregory Kucherov , Justin O’Grady , Michael Baym  and William P. Hanage . Rapid inference of antibiotic resistance and susceptibility by genomic neighbour typing. Nature Microbiology, VOL 5, March 2020, 455–464.