Метилирование ДНК является эпигенетическим механизмом, регулирующим экспрессию генов. Есть предположение, что изменения в метилировании ДНК являются полезными биомаркерами для диагностики, а также для определения прогноза и ответа на лечение.

В предлагаемом полнотекстовом бесплатном обзоре представлены биомаркеры на основе метилирования при колоректальном раке. Авторы начинают с двух диагностических биомаркеров на основе метилирования, уже одобренных для колоректального рака, SEPT9 и комбинации NDRG4 и BMP3. Затем авторы предоставляют основанный на различных публикациях обзор новых кандидатов на биомаркеры в зависимости от источника образца, включая плазму, кал, мочу и хирургически удаленные опухолевые ткани.

Наиболее часто идентифицируемые маркеры, такие как SDC2, VIM, APC, MGMT, SFRP1, SFRP2 и NDRG4, имеют различные функции, ранее связанные с прогрессированием опухоли. Хотя многочисленные исследования выявили специфические для опухоли изменения метилирования, большинство из этих изменений наблюдались только в одном исследовании. Отсутствие валидации в независимых образцах означает низкую воспроизводимость и является серьезным ограничением. Общегеномное определение статуса метилирования (метилома) может предоставить данные для решения этих проблем.

В третьем разделе обзора обобщены исследования метилома, посвященные различным аспектам, связанным с CRC, включая предраковые поражения, специфические для CRC изменения, молекулярные подтипы, старение и реакцию химиотерапии. Примечательно, что методы одновременного анализа большого набора областей могут также раскрыть эпигенетическую регуляцию генов, которые ранее еще не были связаны с опухолевым генезом.

Неизменным ограничением исследований, опубликованных на сегодняшний день, является низкое число пациентов, используемых в них, препятствующих идентификации клинически ценных кандидатов на биомаркеры. Либо будущие крупномасштабные исследования, либо интеграция уже имеющихся данных на уровне метилома будут необходимы для выявления биомаркеров, достаточно надежных для клинического применения.
 

DNA methylation-based diagnostic, prognostic, and predictive biomarkers in colorectal cancer - ScienceDirect 
Müller D, Győrffy B. DNA methylation-based diagnostic, prognostic, and predictive biomarkers in colorectal cancer. Biochim Biophys Acta Rev Cancer. 2022 May;1877(3):188722. doi: 10.1016/j.bbcan.2022.188722. Epub 2022 Mar 17. PMID: 35307512.