Методы: Было выполнено высокопроизводительное секвенирование РНК (RNA-seq) для оценки профилей экспрессии circRNA в 4 спаренных тканях CRC, и выявленные значимые нерегулируемые circRNA были исследованы дополнительно методом количественной полимеразной цепной реакции в реальном времени (qRT-PCR). Генетическая онтология (GO) и анализ обогащения пути Киотской энциклопедии генов и геномов (KEGG) были использованы для прогнозирования потенциальных функций дисрегулируемых циркулярных РНК. Целевые miRNA circRNA были предсказаны с использованием программного обеспечения miRanda и были дополнительно проанализированы, комбинируя платформу DIANA-miRPath v.3 (модуль обратного поиска) с путями KEGG колоректального рака и MicroRNAs при раке (запись: map05210 и map05206). Сети взаимодействия CircRNA-miRNA были сконструированы с использованием программного обеспечения Cytoscape. Уровни экспрессии циркулярной РНК с подавлением экспрессии, circDDX17 (hsa_circ_0002211), определялись с помощью qRT-PCR в 60 парных тканях CRC. CircDDX17 был подавлен siRNA, и биологические функции circDDX17 были исследованы в клеточных линиях CRC.
Результаты: Всего было идентифицировано 448 дифференциально экспрессируемых circRNA, включая 394 активируемых и 54 подавляемых circRNA. Проверка qRT-PCR подтвердила надежность данных RNA-Seq. Анализ GO и KEGG показал, что эти дисрегулируемые circRNAs потенциально участвуют в патогенезе CRC. Анализ путем комбинирования программного обеспечения miRanda и miRPath с путями KEGG показал, что miRNA, на которые нацелены 10 основных дисрегулируемых CirRNAs, были связаны с KEGG-путями КОЛОРЕКТАЛЬНОГО РАКА и MicroRNAs при раке, что указывает на то, что взаимодействия circRNA-miRNA могут играть важную функциональную роль в инициации и прогрессирование CRC. Результаты qRT-PCR для circDDX17 в 60 парных тканях CRC показали, что circDDX17 значительно подавлялся в тканях CRC и ассоциировался с неблагоприятными клинико-патологическими параметрами.
Выводы. Было идентифицировано множество циркулярных РНК, которые не регулируются в тканях CRC по сравнению с соседними нормальными тканями слизистой оболочки. Биоинформационный анализ показал, что эти дисрегулируемые circRNAs могут играть важную функциональную роль в онкогенезе CRC. CircDDX17 действует как опухолевый супрессор и может служить потенциальным биомаркером и терапевтической мишенью при CRC.
RNA sequencing reveals the expression profiles of circRNA and indicates that circDDX17 acts as a tumor suppressor in colorectal cancer | Journal of Experimental & Clinical Cancer Research | Full Text (biomedcentral.com)
Li, XN., Wang, ZJ., Ye, CX. et al. RNA sequencing reveals the expression profiles of circRNA and indicates that circDDX17 acts as a tumor suppressor in colorectal cancer. J Exp Clin Cancer Res 37, 325 (2018). https://doi.org/10.1186/s13046-018-1006-x
Комментарии (0)
Зарегистрируйтесь, чтобы добавить комментарий