.png)
Рак молочной железы является наиболее распространенным инвазивным раком среди женщин во всем мире.
АКТУАЛЬНОСТЬ: Секвенирование нового поколения (NGS) произвело революцию в изучении рака в исследовательских лабораториях по всему миру. Однако, геномное тестирование в клинических условиях остается ограниченным. Успехи в обеспечении надежности секвенирования, пайплайн анализов, накоплении соответствующих данных и снижении затрат быстро повышают целесообразность принятия клинических решений на основе NGS.
МЕТОДЫ: Мы сообщаем о разработке MammaSeq, специфичной для рака молочной железы панели NGS, нацеленной на 79 генов и 1369 мутаций, оптимизированных для использования в первичном и метастатическом раке молочной железы. Для валидации панели 46 твердых опухолей и 14 образцов циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA) плазмы были секвенированы на среднюю глубину 2311× и 1820× соответственно. Варианты были названы с использованием Ion Torrent Suite 4.0 и аннотированы cravat CHASM. CNVKit использовали для вызова вариантов номеров копий в когорте солидных опухолей. Onco KBPrecision Oncology Database была использована для того, чтобы определить клинически действенные варианты. Капельная цифровая ПЦР использовалась для проверки выбранных мутаций ctDNA.
РЕЗУЛЬТАТЫ: В когортах из 46 солидных опухолей и 14 образцов ctDNA от пациентов с распространенным раком молочной железы мы выявили 592 и 43 мутации, кодирующие белок. Мутации на образец в когорте солидных опухолей варьировали от 1 до 128 (медиана 3), а в когорте ctDNA- от 0 до 26 (медиана 2,5). Анализ количества копий в когорте солидных опухолей выявил 46 амплификаций и 35 делеций. Мы выявили 26 клинически действенных вариантов (уровни 1-3), аннотированных OncoKB, распределенных по 20 из 46 случаев (40%) в когорте солидных опухолей. Частоты аллелей мутаций ESR1 и FOXA1 коррелировали с CA.27.29 уровень в крови, подобранной пациентом.
ВЫВОДЫ: В твердых биоптатах опухоли и ctDNA MammaSeq обнаруживает клинически значимые мутации (уровни OncoKB 1-3) в 22/46 (48%) твердых опухолях и в 4/14 (29%) образцах ctDNA. MammaSeq является адресная панель, подходит для клинически действенные обнаружения мутаций при раке молочной железы.
АКТУАЛЬНОСТЬ: Секвенирование нового поколения (NGS) произвело революцию в изучении рака в исследовательских лабораториях по всему миру. Однако, геномное тестирование в клинических условиях остается ограниченным. Успехи в обеспечении надежности секвенирования, пайплайн анализов, накоплении соответствующих данных и снижении затрат быстро повышают целесообразность принятия клинических решений на основе NGS.
МЕТОДЫ: Мы сообщаем о разработке MammaSeq, специфичной для рака молочной железы панели NGS, нацеленной на 79 генов и 1369 мутаций, оптимизированных для использования в первичном и метастатическом раке молочной железы. Для валидации панели 46 твердых опухолей и 14 образцов циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA) плазмы были секвенированы на среднюю глубину 2311× и 1820× соответственно. Варианты были названы с использованием Ion Torrent Suite 4.0 и аннотированы cravat CHASM. CNVKit использовали для вызова вариантов номеров копий в когорте солидных опухолей. Onco KBPrecision Oncology Database была использована для того, чтобы определить клинически действенные варианты. Капельная цифровая ПЦР использовалась для проверки выбранных мутаций ctDNA.
РЕЗУЛЬТАТЫ: В когортах из 46 солидных опухолей и 14 образцов ctDNA от пациентов с распространенным раком молочной железы мы выявили 592 и 43 мутации, кодирующие белок. Мутации на образец в когорте солидных опухолей варьировали от 1 до 128 (медиана 3), а в когорте ctDNA- от 0 до 26 (медиана 2,5). Анализ количества копий в когорте солидных опухолей выявил 46 амплификаций и 35 делеций. Мы выявили 26 клинически действенных вариантов (уровни 1-3), аннотированных OncoKB, распределенных по 20 из 46 случаев (40%) в когорте солидных опухолей. Частоты аллелей мутаций ESR1 и FOXA1 коррелировали с CA.27.29 уровень в крови, подобранной пациентом.
ВЫВОДЫ: В твердых биоптатах опухоли и ctDNA MammaSeq обнаруживает клинически значимые мутации (уровни OncoKB 1-3) в 22/46 (48%) твердых опухолях и в 4/14 (29%) образцах ctDNA. MammaSeq является адресная панель, подходит для клинически действенные обнаружения мутаций при раке молочной железы.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30736836
Breast Cancer Res. 2019 Feb 8;21(1):22. doi: 10.1186/s13058-019-1102-7.
Комментарии (0)
Зарегистрируйтесь, чтобы добавить комментарий